随着农业、手工业的发展和交通条件的逐步改善，明朝南宁各地的商业也取得了长足的进步，商品流通日益便捷，乡村也出现了大量墟市。城镇规模的扩展及其商业功能的逐渐强化是明朝南宁商品经济发展的重要表现。

宣统《南宁府志》载明人汪必东《驻南宁》一诗云：“西粤观诸郡，南宁亦首风。正音前汉叶，奇货左江通。”明朝的南宁是桂南地区的商业中心，是左右江流域的商品集散地。朝廷在南宁府城设关厂，每年征收杂货税银多达4000余两。天启七年（1627），朝廷将设于浔州府城的浔州厂与南宁厂合并，称为浔南厂，每年由浔州府、南宁府官员轮流管理，其中南宁府官员管理春、夏两季，浔州府官员则管理秋、冬两季。

思恩等地商业也得到逐步发展。嘉靖以前，思恩府治交通不便，水道不通，与外地货物往返运输耗时很长，导致物资匮乏。嘉靖七年（1528），根据两广总督王守仁建议，将思恩府治迁至荒田（今武鸣区府城镇）。荒田地势平坦，由水道直通南宁府城，交通条件大为改善，思恩与南宁等地的经济联系也逐步加强，各种商品源源不断流入思恩府及其所辖白山、兴隆、那马、古零、安定等土司地区，商贾日集，朝夕络绎不绝。

明朝，南宁各地墟市也不断涌现。据史料记载，嘉靖、万历时期，今南宁市所辖各州县至少有107个墟市。这些墟市都是当地居民日常交易的场所，所交易的物品既有食盐、稻米、鸡鸭鱼肉等食物，也有竹纸、蔗糖、蜜蜡、木器等手工品。横州境内有19个墟市，其中分界墟位于横州与灵山县（时属广东）交界处，是广西、广东之间的交易中心。陈步江（今称大埠江）发源于灵山县，向北流入郁江，可以通行小舟，产自钦州海边的食盐通过此河道进入横州，再转入南宁府城。南宁府城北门外10余里有桥村墟，墟市上有固定住户，每当墟期，来自四面八方的商人和农民来此交易，人声沸然。关于南宁府城周围商品交易的状况，明人谢少南《南宁书所见》一诗写道：

邕管真堪赋，江南恐不如。

橘奴金弹密，荔子水晶虚。

海错羞方物，山蕉入野蔬。

无论宝玉贱，鱼米自宜居。

横州、永淳等地的农村墟市仍然处于草市阶段，墟市上无固定店铺和人口。万历年间（1573—1620），魏濬来广西做官，途经横州、永淳前往南宁府，沿途见圩集皆无草舍，遇雨只能雨中贸易，于是有感而发，作诗两首，记录了永淳县农村墟市的交易情况：

箬篮双放垄头安，却坐林边解竹箪。

棕叶结衣宜避湿，青纱裹额不忧寒。

蒌根对语时还嚼，车骑来过亦聚观。

此去茅村应未远，满溪涩勒翠团团。

迂回岩径转嵯峨，笑问蛮家第几窠。

入市每衣芒木布，出门时唱浪花歌。

峒丁惯筈歼弧矢，壮女能抛织贝梭。

墟散尽投归路去，断烟半陇冒荒萝。

明朝的南宁一带是壮族聚居地，妇女不仅是农业生产的主要参加者，也是墟市交易的主角。正德年间（1506—1521），乌程人王济出任横州通判，他看到州城南门外有墟市，来自乡间的妇女将柴、米等货物挑到市场上出卖。嘉靖年间（1522—1566），董传策被贬南宁，只见妇女们挑着蔬菜、水果到乡间墟市上进行交易。居住在山区的少数民族也广泛参与商品交易活动，在乡村墟市上出售各种特产和手工业品，购买粮食、食盐、铁器等物品，加强了与汉族的经济联系。